Marvel vs. Capcom: Clash of Super Heroes to trzecia odsłona serii dwuwymiarowych bijatyk Marvel vs. Capcom. Gra wykorzystuje podobną mechanikę gry zespołowej, jak jej poprzedniczka, Marvel Super Heroes vs. Street Fighter. Przed rozpoczęciem każdego meczu gracz wybiera drużynę złożoną z dwóch wojowników do rywalizacji w walce jeden na jednego. Gracz może swobodnie przełączać się między swoimi postaciami w dowolnym momencie bitwy. Podczas gdy jedna postać walcząc, ich kolega z drużyny odpoczywający poza ekranem powoli regeneruje swój wskaźnik życia. Drużyna, która jako pierwsza wyczerpie witalność przeciwnika, wygrywa mecz; jednak jeśli skończy się czas, zanim któraś z drużyn zostanie znokautowana, gracz z największą ilością pozostałego zdrowia zostaje ogłoszony zwycięzcą.