W regionie zwanym Spiral Mountain, siostra Banjo, Tooty, zostaje porwana przez wiedźmę Gruntildę, która chce ukraść dla siebie piękno Tooty, a Banjo i Kazooie muszą ją uratować. Celem jest przejście przez legowisko Gruntildy i różne znajdujące się w nim światy, zebranie przedmiotów, takich jak złote kawałki układanki i nuty, które pozwolą Banjo i Kazooie przejść przez ich misję, oraz pokonanie Gruntildy. Podczas ostatniej bitwy zostaje strącona ze swego zamkowego legowiska i uwięziona pod głazem. Gra koncentruje się na wyzwaniach platformowych 3D, w połączeniu z elementami przygodowej gry akcji, a także dużą różnorodnością łamigłówek.